Das genaue Gründungsdatum der Immendinger Pfarrkirche ist leider nicht bekannt. Ein Steuerregister aus dem Jahr 1275 bestätigt, dass die Immendinger Kirche eine eigenständige Pfarrei bildete.
Im Schutze des Oberen Schlosses stand eine Holzkirche, die in der Mitte des 13. Jahrhunderts durch einen Steinbau ersetzt wurde. Von diesem steht nur noch der massive Turm mit gotischen Fenstern und eingewölbter Turmhalle mit Wandmalereien aus dem 14. und 15. Jahrhundert. Der Förderverein Turmkapelle strebt die Freilegung und Restaurierung der Wandmalereien und Renovierung der Turmkapelle an.
Ein eicherner Dachbalken weist das Jahr 1505 als Datum einer Renovation oder eines Umbaus aus. 1653 wurden drei neue Altäre eingeweiht: St. Peter und Paul, der Frauenaltar mit Johannes dem Täufer und der Sebastiansaltar.
Schon bald wünschte sich die Gemeinde eine größere Kirche. Nach Plänen vom Fürstenbergischen Baumeister Salzmann war die Grundsteinlegung am 9. Oktober 1787 und am 16. Oktober 1791 wurde die neue Kirche eingeweiht.
1893 war eine Renovation nötig und da die Katholikenzahl stieg, plante die Gemeinde eine Erweiterung. Der Umbau erfolgte in den Jahren 1936/37 unter Beibehaltung des ursprünglichen Altarraumes und der Empore. Der neue Hochalter liegt erhöht über dem neuen Kirchenschiff in westlicher Richtung. In dem angegliedertem Nebenschiff steht ein Renaissancealtar aus dem ehemaligen Kloster Amtenhausen (Abbruch 1842). Er zeigt auf Holz gemalt die Geburt Jesu, die Krönung Mariens, Johannes den Täufer und den Evangelisten Johannes.
Ebenfalls aus Amtenhausen stammt ein Antipendium von 1621. Es zeigt die Heilige Anna Selbdritt zwischen Johannes dem Täufer und dem Heiligen Hieronymus mit dem Löwen.
Der Maler August Braun aus Stuttgart schuf 1943 drei Deckengemälde. Am 1. September 1946 weihte Weihbischof Wilhelm Burger das erweiterte Gotteshaus, das nun 680 Sitzplätze bot.
Ab 2000 waren sowohl innen als auch außen Renovierungsarbeiten nötig. 2009 erfuhr der Altarraum eine Neugestaltung nach Plänen des Erzbischöflichen Bauamtes Konstanz, geschaffen durch die Firma Hafen aus Meckenbeuren. Kreuz, Altar, Ambo, Osterkerzenleuchter, Marienaltar und Taufbecken bilden nun eine Einheit, bei der das Material des alten Zelebrationsaltars aus den siebziger Jahren wiederverwendet wurde. Am 20.09.2009 erfolgte die Altarweihe durch Weihbischof Dr. Paul Wehrle.
(Quelle: Immendingen. Geschichte einer Stadt an der Donauversinkung. Thorbecke, 1989)